Program Magister IAIN Pekalongan menyediakan fasilitas , meliputi :
- Ruang Perkuliahan Multimedia dan ber AC
- Ruang Perpustakaan yang representatif
- Hotspot Area
- Laboratorium : Microteaching, Komputer, Peradilan Semu, Mini Bank dan Bahasa
- Tempat Ibadah
- Poliklinik
- BMT
- Beasiswa Prestasi